安捷伦科技和蛋白质组软件公司（Proteome Software）今天宣布，Proteome公司的Scaffold 2.1版本软件，现在可以处理从安捷伦的Spectrum Mill 蛋白数据库搜索引擎中搜索的结果。

      Scaffold可对串联质谱数据进行统计学认证，从多个搜索引擎中合并结果，并用图像显示在生物学相关的形态中的鉴定结果。Spectrum Mill 可对MS和MS/MS数据进行高通量的蛋白质数据库检索。

      研究者可以把Spectrum Mill数据文件装载（load）到Scaffold中，然后把Spectrum Mill 的结果和各种搜索引擎结果比较，比如：Mascot，SEQUEST，Phenyx，OMSSA 和 X!Tandem。

      “通过支持Spectrum Mill搜索引擎，Scaffold为它的集成库增加了另一个优秀的工具，使研究者们可以更容易地合并、比较、分享MS/MS检索结果。” Proteome公司的科学家Christopher Mason说。

      “合并的搜索引擎数据，比任何单一的搜索引擎产生好得多的结果。”安捷伦实验室的研究者Alex Apffel博士说。“用户可以'拯救'那些可能会被拒绝的谱图；并为结果的评价提供了一个客观的统计基础。”

      安捷伦实验室，该公司的中央研究机构同Proteome软件公司合作，集成了Spectrum Mill 和Scaffold，帮助研究者获得更高质量的数据。用于MassHunter工作站的Spectrum Mill 新版本，有几项独特的性能：

      接受多数质谱仪器的数据；
      是少数几个可以利用高质量精度MS和MS/MS谱图的软件之一，可以提高搜索结果的特异性和置信度
      可以方便地鉴定未知的蛋白修饰；
      提供优良的可视化工具，帮助自动和手动地验证、检查搜索结果，并显示差异的表达谱
若想下载Scaffold 2.1，请访问：www.proteomesoftware.com.

关于安捷伦的Spectrum Mill

      MassHunter工作站上使用的Spectrum Mill，即使对于非常复杂的查询，反馈也很快速（~200 毫秒/张谱）。它通过快速的数据库搜索，独特的算法，智能并行和迭代搜索过程，快速地鉴定蛋白质和多肽。Spectrum Mill有多种操作模式：在鉴定模式下找到未修饰的肽段；在可变修饰或同源模式下可寻找翻译后修饰、变异或化学修饰。对于数据库中找不到的肽段，也可以进行从头（de novo）的谱图解析。Spectrum Mil可在无需同位素标记的情况下，鉴定两个数量级（或更高）的相对丰度差异；同时也支持所有的标记技术。

关于Proteome公司的软件

      Scaffold 2.1是工业标准级的MS/MS后分析工具，对于串联质谱实验鉴定的蛋白，它给出一种完整的、实验性的展现。Scaffold帮助蛋白质组学研究人员验证，可视化，并分享他们的数据。更多关于Scaffold 2.1的信息，请访问：www.proteomesoftware.com