当然，使用这种目标的方法，你仅能发现你专门去寻找的那些生物标志物，但好处是减少了被质谱测定的蛋白的数量。“你消除了大量的噪音——人对人的噪音和其它的噪音——因为你没有去测定大部分的蛋白，”Aebersold说。目标物的质谱方法，比非目标物的发现-比较方法，灵敏度获得了量级的提高，特别是当面对如血清这种非常复杂的样本时。
相似的，美国国立癌症研究所实施的癌症的临床蛋白质组学技术（CPTAC）计划，也资助于那些目标的、候选蛋白为基础的方法。 “候选蛋白为基础的方法更稳健、定量更准确，”Steven Carr说，他是美国马萨诸塞州剑桥Broad研究所蛋白质组学平台的主任，和CPTAC的研究员。在优先独立观测的基础上，CPTAC和癌症研究的团体一起工作，鉴定了和癌症相关的大约1,000种候选蛋白生物标志物。这些候选物的子集，将被CPTAC参与者开发的高通量验证方法来测试（见附录：BOX1）。
新推出的三重四极杆质谱和软件，可能帮助扩展目标物方法的用途。Waters公司的Xevo TQ质谱特点是：在实验中做串联质谱（MS/MS）采集，同时获得定量的MRM数据，这在先前的串联质谱上是不可能的。这种功能，使用户可以根据MS/MS选择感兴趣的蛋白，然后在同一次试验中对感兴趣的离子进行MRM分析。系统利用了新的“VERIFYE'”软件和Xevo TQ 质谱的优点，监测MS/MS分析中产生的所有的肽和蛋白，然后在目标物的方法中找到离子化和断裂最强的碎片进行监控。
新的软件和工具，比如赛默飞世尔科技新推出的Proteome Discoverer，使质谱数据的解析对用户来说更容易。
数字游戏
“我认为质谱定量是一个非常令人兴奋的领域，过去的几年，在标记和非标记方面都取得了很多成果。” 布鲁克道尔顿的Suckau说。在蛋白质组学研究团体中，质谱定量方法的崛起，是近年来厂商努力工作的结果，他们为研究者们开发了标记和非标记的方法及工具包。
在“标记方面”，赛默飞世尔科技推出了新的串联质谱标签（tandem mass tag）工具包，叫做TMT，用于标记实验。TMT是位于英国Cobham的Proteome Science公司发明的。TMT包含带有氨基活性基团的等量的串联质量标签，一个质量归一化的连接子，一个可断裂的化学键，和报告离子（reporter ion）系列。使用这些试剂，研究者们能够在一个样本中专门标记肽和蛋白，然后进行相对或绝对的定量。
在“非标记方面”，Mann直接指出，仪器的进步像催化剂一样使定量方法日益流行。“我们有适于应用非标记方法的Orbitrap；和同样具有良好分辨率的先进的TOF质谱；这是很好的一步，” Mann说。“通常我认为非标记方法非常有趣，尤其在生物标志物发现的环境背景方面。”
Lester Taylor，赛默飞世尔科技质谱和生命科学团队的市场总监，指出了分辨率的重要性。“有大量的仪器提高了质量准确度（指对一个质量能测得多准），但只有质量准确度是不够的。关键之一是要有足够的分辨率（指分开两个质量的能力），这样你才能确信你正在监测的峰和其它干扰已经很好地分开。” Taylor说。
Aebersold的小组使用了标记和非标记两种方法用于目标物蛋白质组研究。他的团队倾向于使用ICAT或iTRAQ标记来进行潜在的生物标志物的验证。“对于检测血清中的目标多肽，我们使用了ICAT标记参比肽，以确定血清蛋白的绝对量，” 他说，“原因很简单，你要准确地定量样品中的多肽，并读出绝对的浓度。” 但在最初的发现阶段，他们使用非标记的方法来建立他们感兴趣的蛋白列表，因为非标记方法花费较低，并具有更高的通量。
验证和超越
“ 你必须分析大量的样本，才能知道一个生物标志物是否具有临床用途。” Langridge说，并谈到蛋白生物标志物验证的另一个问题：完全的样本数目。因为人类种群的多样性，对候选蛋白生物标志物进行统计学的有效验证，可能要求研究几百名病人的样本。然而在开发阶段，验证必须的高分辨率仪器往往不适合高通量工作。
Carr认为这样的通量问题会在近几年被解决，通过开发稳健的高通量流水线（pipelines）。他认为在验证阶段大部分的瓶颈，不是来源于质谱本身，而是源于样品制备。CPTAC的成员们，和更多的商业开发者们，正在努力开发新技术，来提高发现和验证过程中所有部分的通量。
表1. 供应商指南：提供质谱仪及配件的公司（见附件）
附件：
BOX1 标准和实践
2006年1月，美国国立癌症研究所开始资助癌症的临床蛋白质组学技术（CPTAC）评估项目，一项为期5年、1.04亿美元的计划，用于拓展蛋白质组学技术在临床癌症诊断中的应用。
Steven Carr，位于Broad研究所的一个CPTAC研究组的首席研究员说，蛋白质组学至今仍未对临床诊断做出重大贡献。“技术没有错，而是我们对以下方面缺乏清晰的了解：技术基础上能够做什么、怎样为这样的平台准备最好的临床样本，以及什么样品最适于蛋白质组学研究，” Carr说。这是Carr领导的Broad研究所；纽约的斯隆-凯特林癌症中心的CPTAC研究组；印第安纳西拉法耶特的普渡大学；加州大学伯克利分校；田纳西州纳什维尔的范德比尔特大学医学院，共同创建的一个标准化流水线，用于蛋白质生物标志物的发现和验证。
这5个CPTAC小组合作，跨实验室测试样品，在两个领域内建立标准化的程序：非歧视地发现蛋白质组，和用MRM技术进行候选物的验证。通过保持所有他们有可能一致的条件——质谱系统，工作流程和标准操作程序——这5个研究组系统地研究了产生偏差/变化的来源。“关于非歧视地发现，研究组将使用多达100个蛋白质添加到复杂的生物背景（比如细胞裂解液）中，看看在不同丰度下，蛋白怎样才能被可靠和重现的检测。在样本之间、各级的特定蛋白质的稳定的差别怎样能够被鉴定（模拟真正的生物标志物发现过程），假阳性率是多少。关于用MRM方法进行目标物验证，我们正在使用稳定同位素标记的多肽，来定量添加到血浆中的蛋白质，并在5个不同的研究组的7台仪器上，建立重现性，线性响应，和检测限。” Carr解释。
CPTAC现在正在进行下阶段的生物标志物鉴定工作：大规模水平上的验证流水线。来自华盛顿特区的血浆蛋白质研究所的Leigh Anderson说，流水线必须是稳健的，能够被很好地验证。“如果存在一个标志物，我们需要一条流水线，这样我们才有把握去发现它。” 他说，因为他预测在临床验证阶段，候选物大概有95～98％的筛出率。
Anderson 和Carr都认为，在验证阶段最大的挑战来源于如何对待现有质谱仪器有限的灵敏度。他们指望着仪器制造商能提供灵敏度提高5～10倍的系统，来帮助解决问题。
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