乙型肝炎病毒感染容易造成感染者的免疫耐受状态，即自身不能清除病毒，因而体内长期携带乙肝病毒。乙肝病毒持续存在的后果是慢性肝炎、肝硬化、甚至肝癌，最终危及病人生命。
 
    乙肝病毒进入人体后，经过血液循环到达肝脏，穿过肝细胞膜进入到肝细胞内，然后脱去包膜，病毒的DNA进入到肝细胞核内。乙肝病毒DNA即HBVDNA利用人的肝细胞内环境复制产生新的乙肝病毒，新产生的乙肝病毒再进入其他未感染的肝细胞，不断造成肝细胞损害，表现为转氨酶反复升高，病情不断向前进展。
 
    乙型肝炎容易慢性化，病情迁延不愈，容易发展成肝硬化甚至肝癌，最直接原因就是乙肝病毒在体内长期存留所致。因此，乙型肝炎治疗的根本在于彻底清除乙肝病毒。只有彻底消灭乙肝病毒，才能从根本上治愈乙型肝炎。但乙型肝炎病毒进入人体后迅速进入人的细胞内，在细胞核内复制新病毒。抗病毒药物一般不容易进入细胞内，尤其是不能进入细胞核内。因此，目前为止很难找到能够彻底清除乙型肝炎病毒的药物。
 
    国家慢性乙型肝炎防治指南推荐的主要抗病毒药物有两类一是干扰素类，包括普通干扰素与长效干扰素；另一类是核苷类包括拉米夫定、阿德福韦酯、恩替卡韦等。这两类药物可以减少血液中乙肝病毒量，可以减少到检查不出来（<1000copies），使部分病人“大三阳”转为“小三阳”，但彻底清除病毒者较少。即便检查不出来病毒，也不能代表从体内清除了病毒，只能说血液中暂时没有病毒。因为，目前应用的药物还不能清除肝细胞核内乙肝病毒。当停了抗病毒药后，位于肝细胞核内病毒会“死灰复燃”，复制出新的病毒释放入血。如果某药能够清除乙肝病毒其至少要满足以下三条：血液HBsAg转阴；血液HBVDNA转阴；肝组织免疫组化染色肝细胞及细胞核内找不到HBVDNA。目前尚无任何一种药物能够满足以上三个条件。
 
    不能彻底清除病毒，不代表抗病毒治疗无治疗效果。大量临床研究证实，人体内携带乙肝病毒量越大，时间越长，病人发展为肝硬化、肝癌的机会越大。而选择合适的抗病毒治疗措施，将病毒量尽可能减少，则会减少病情进展的风险。