中药有效成分极为复杂，不同中药品种的活性成分含量相差悬殊，复方制剂尤甚。毛细管电泳法为中药分析提供一种新的方法，目前已能对中药中主要有效成分如生物碱、有机酸类、黄酮类、香豆素类及各种苦类进行相关分析。已分析研究过的中药材主要有麻黄、黄连、黄柏、黄芩、芍药、大黄、甘草、柴胡、厚朴、当归、马钱子、丹参、吴茱萸和淫羊霍等。
    毛细管区带电泳(CZE) 是毛细管电泳最基本、最普遍的一种模式，其分离原理是基于不同分子处于电场中所显示迁移速率有所差别，相对来说是一种发展较为成熟的技术。已广泛应用于药物检验方法的建立及药物分析与分离方法的研究。现简单介绍其在中药材极其制剂含量测定方面的应用。
    张艺等采用高效毛细管区带电泳法对逍遥片及当归原药材中所含阿魏酸进行含量测定，石英毛细管柱(75m × 65cm，有效长度56.5cm)；以橙皮苷为内标，检测波长为313nm；运行缓冲液为20mmol/L硼砂溶液(25℃时pH=9.18)；分离电压25kV；温度为25℃。：阿魏酸的线性范围在5～100μg/mL范围内。赵新峰等采用毛细管区带电泳法测定地黄中梓醇的含量，用未涂层石英玻璃毛细管(60cm×75μm，有效长度45cm)，检测波长210nm，重力进样(10cm×5s)，运行电压14kV，温度20℃，背景电解质为50mmol/L硼砂溶液。
    李红兵等用高效毛细管电泳法测定葛根及其制剂正心泰胶囊中葛根素的含量，缓冲液为3Ommol／L硼砂缓冲溶液(pH9.37)，电压30kV，检测波长254 nm，双氯灭痛为内标物。葛根素的线性范围10～100μg／ml，回收率为97.53，RSD为0.9%。
    丁华等采用毛细管区带电泳法测定石明止血合剂中没食子酸的含量，缓冲液为25mmol／L硼砂(pH9.68)；分离电压：30kV；检测波长：214nm。没食子酸的线性范围为25～250μg／mL，最小检测浓度为1μg／mL，平均回收率为96.75%，RSD=2.5%。
    陈勇川等采用高效毛细管电法测定芍药及成药中芍药苷的含量，50mmol／L硼砂缓冲液(pH10.6)，电压20kV，检测波长230nm，芍药苷线性范围0.062 5～1.0 mg／ml，回收率98.O1～99.43%。
　　许平波等用高效毛细管电法测定川芎注射液中川芎嗪含量，以150mmol／L磷酸盐缓冲液(pH7.6)为电泳电解液，电压30kV，检测波长284nm，内标为氨茶碱，川芎嗪含量在5.83～93.33μg／ml，浓度与峰面积比呈良好线性关系。