由于毛细管色谱柱柱效很高，对一般的样品备用三种极性的柱子就能解决大部分问题，但对同分异构体要严格选用专用毛细管色谱柱。 
＊色谱柱的选择 
按样品极性选择: 
弱极性样品，可选OV-1，SE-30，OV-101，SE-52，SE-54。 
中极性样品，可选OV-17，OV-1701，XE-60，OV-225，OV-210。 
极性样品，可选PEG-20M,FFAP,OV-275,DEGS。 
按酸碱性选择: 
碱性样品：弱碱性可选OV-1，SE-30等； 强碱性可选碱性PEGB 

酸性样品：FFAP 
按沸点选择: 
高沸点物质可选OV-1，SE-30，SE-54等交联柱，薄液膜 
＊毛细管内径的选择 
成品分析：小口径 0.25mm，0.32mm ，薄液膜 
痕量组分分析：大口径，厚液膜，0.53mm 
＊汽化温度 比样品沸点高20～30℃ 
＊柱温 首选在样品沸点的0.7倍处，再看分离情况调整。 
＊检测温度 》柱温 ；》 120℃（FID） 
＊分流比 小口径》100:1 ；大口径10～50:1或不分流进样（用专用接头）
＊尾吹：15～30ml/分（满足FID要求）； 隔膜清扫气：1～5ml/分 
＊进样量：0.3～0.5μl 
＊ 定性与定量 
定性与填充柱色谱一样，或GC/MS 
定量 一般用归一法或内标法定量